Optimización de una técnica de PCR convencional para la amplificación de la región LCR y el gen E6 del virus del papiloma humano tipo 16

El cáncer de cuello uterino es el cuarto cáncer más frecuente en mujeres en el mundo y a nivel mundial, el VPH 16 se encuentra presente en aproximadamente el 60% de los casos. A la fecha, las variantes de VPH 16 se clasifican en 4 linajes y 16 sublinajes asociándose algunas variantes con severidad de lesión. La secuenciación de la región LCR y del gen E6 es utilizada para la clasificación de variantes. Por ello, el objetivo fue optimizar 2 PCRs convencionales para detectar la región LCR y una PCR para el gen E6. Para ello, se utilizaron muestras positivas para VPH 16, cebadores específicos para la región LCR y el gen E6. Se probaron las reacciones a diferentes temperaturas de anillamientos. La concentración de MgCl2, dNTP y cebadores fueron determinadas siguiendo las recomendaciones del fabricante de la enzima ADN polimerasa utilizada. Para la amplificación de la región LCR y el gen E6 del VPH 16, se observaron mejores resultados a una temperatura de anillamiento de 57°C y 50°C, respectivamente. La concentración de MgCl2 utilizada en ambas reacciones fue de 1,5mM, la de dNTP 0,2mM y la de cebadores 0,2uM. La optimización de la reacción de PCR permitirá obtener amplicones aptos para secuenciación, a fin de determinar las variantes génicas y posteriormente evaluar funcionalidad y actividad transcripcional que puedan estar relacionadas con la patogénesis cervical.

Cervical cancer is the fourth most common cancer in women in the world and worldwide HPV 16 is present in approximately 60% of cases. To date, HPV 16 variants are classified into 4 lineages and 16 sublineages, with some variants being associated with lesion severity. Sequencing of the LCR region and the E6 gene is used for variant classification. Therefore, the objective was to optimize two conventional PCRs to detect the LCR region and one PCR for the E6 gene. For this purpose, HPV 16 positive samples, specific primers for the LCR region and the E6 gene were used. The reactions were tested at different alignment temperatures. The concentration of MgCl2, dNTP, and primers was determined following the recommendations of the manufacturer of the DNA polymerase enzyme used. For amplification of the LCR region and the HPV 16 E6 gene, the best results were observed at an annealing temperature of 57°C and 50°C, respectively. The concentration of MgCl2 used in both reactions was 1.5mM, dNTP 0.2mM and primers 0.2uM. The present optimization will be used to sequence the amplified products to determine the variants and subsequently evaluate the functionality and transcriptional activity in order to relate it to cervical pathogenesis.

Identification of insect-specific flaviviruses in areas of Brazil and Paraguay experiencing endemic arbovirus transmission and the description of a novel flavivirus infecting Sabethes belisarioi.

Viral infection was examined with pan-flavivirus and pan-alphavirus sets of primers in mosquitoes collected in four South American regions with confirmed pathogenic arbovirus circulation. Positive pools for flavivirus infection were sequenced and screened for specific arboviruses, which were not detected. However, NS5 gene sequencing showed that most sequences corresponded to the insect-specific Culex flavivirus. One sequence retrieved from an Aedes albopictus pool grouped with the insect-specific Aedes flavivirus and two Sabethes belisarioi pools were infected by a previously unknown flavivirus, tentatively named Sabethes flavivirus (SbFV). Phylogenetic inference placed SbFV as ancestral to a clade formed by Culiseta flavivirus, Mercadeo, and Calbertado. SbFV polyprotein showed an average aminoacidic identity of 51% in comparison to these flaviviruses. In vitro studies suggest that SbFV infects insect cells, but not vertebrate cells, therefore, we propose it as a new insect-specific flavivirus. These results highlight the wide distribution of insect-specific flaviviruses concomitant with the circulation of emergent arboviruses.

Optimización de una técnica de PCR convencional para detección de virus de papiloma humano tipo 16 y 18 / Optimization of a conventional PCR technique for detection of human papillomavirus type 16 and 18

El cáncer de cuello uterino es el segundo cáncer femenino más común a nivel mundial. El agente causal es el virus de papiloma humano (VPH). Se han identificado 13 tipos de virus de papiloma humano de alto riesgo oncogénico (VPH-AR), entre los cuales el VPH 16 y VPH 18 son los más frecuentemente detectados en cáncer de cuello uterino, siendo en Paraguay detectados en el 70% de casos de cáncer invasor. Por ello, el objetivo fue estandarizar y determinar el límite de detección de una técnica de PCR convencional para la detección de VPH 16 y 18. Para la detección de ADN de VPH 16 y 18, se observaron mejores resultados con 2mM de MgCl2 y 60°C para la temperatura de alineamiento. El límite de detección para las PCR fue de 14,6x10-11ng/µL para VPH 16 y 21,7x10-12ng/µL para VPH 18. Este trabajo servirá de base a otros estudios de detección e identificación de estos tipos virales por PCR, con miras a identificar un grupo de mujeres positivas para VPH-AR que poseen mayor riesgo de desarrollo de lesión y cáncer de cuello uterino y precisan de un seguimiento más cercano(AU

Cervical cancer is the second most common female cancer worldwide. It is caused by the human papilloma virus (HPV). Thirteen genotypes of high oncogenic risk human papilloma viruses (HPV-HR) have been identified, among which types 16 and 18 are the most frequently detected in cervical cancer. In Paraguay, they are detected in 70% of the invasive cancer cases. Therefore, the objective was to standardize and determine the detection limit of a conventional PCR technique for the detection of HPV 16 and 18. Better results were observed with 2mM MgCl2 and 60°C for the alignment temperature in detection of HPV 16 and 18 DNA. The limit of detection was 14.6x10-11ng/µL for HPV 16 and 21.7x10-12ng/µL for HPV 18. This work will help other studies for the detection and identification of these viral types by PCR in order to identify a group of HPV-HR positive women who have higher risk for the development of lesions and cervical cancer and need a closer follow-up(AU)

Estandarización de una técnica de RT-PCR anidada para detección de alfavirus / Standardization of a nested RT-PCR technique for alphavirus detection

El género Alphavirus está constituido por virus de ARN de los cuales, varias especies son causantes de enfermedades humanas y animales como los virus chikungunya, Mayaro y los virus de encefalitis equinas, por lo que son considerados un problema de salud pública a nivel regional. En Paraguay han sido reportadas infecciones humanas por chikungunya pero son necesarios más estudios para ampliar conocimientos sobre circulación y ecoepidemiología de los alfavirus. La transcripción reversa de ARN seguida de una reacción en cadena de la polimerasa (RT-PCR) anidada es de gran utilidad como herramienta diagnóstica y en la vigilancia epidemiológica. El objetivo de este estudio fue definir las condiciones óptimas de reacción y determinar el límite de detección para una RT-PCR anidada para la detección genérica de alfavirus. El límite de detección obtenido, de 0,47 UFP/mL, indica una alta sensibilidad, pudiéndose aplicar la técnica a muestras humanas y animales de suero, líquido cefalorraquídeo, órganos y a pooles de mosquitos. Este trabajo servirá de base a otros estudios de detección e identificación de especies de alfavirus circulantes en nuestro país, lo que contribuiría a fortalecer su vigilancia y prevención.

The genus Alphavirus consists of RNA viruses of which several species areresponsible for human and animal diseases, such as chikungunya, Mayaro and equineencephalitis viruses, and are therefore considered a regional public health problem. InParaguay, human infections have been reported by chikungunya, but more studies areneeded to increase knowledge on the circulation and ecoepidemiology of alphaviruses.Reverse RNA transcription followed by a nested polymerase chain reaction (RT-PCR) isvery useful as a diagnostic tool and in epidemiological surveillance. The objective ofthis study was to define optimal reaction conditions and to determine the limit ofdetection for a nested RT-PCR for generic alphavirus detection. The detection limitobtained, of 0,47 PFU/mL, indicate high sensitivity, and the possibility of applying thetechnique to human and animals samples of serum, cerebrospinal fluid, organs andmosquito pools. This work will serve as a basis for other studies of detection andidentification of alphavirus species circulating in our country, which would helpstrengthen the surveillance and prevention.

Búsqueda de flavivirus en individuos con sospecha clínica de dengue y resultado negativo para el antígeno NS1 en Paraguay / Search of flavivirus in individuals with clinical suspicion of dengue and negative for the NS1 antigen in Paraguay

Los flavivirus son responsables de una considerable morbi-mortalidad a nivel mundial. Entre ellos, el virus del dengue (DENV) es causante de graves problemas de salud pública en Paraguay. El objetivo del estudio fue detectar infecciones por flavivirus a través de una reacción de RT-nested PCR genérica para flavivirus en 195 muestras de individuos con sospecha de dengue, negativos por el test inmunocromatográfico (antígeno NS1 ­ DENV), provenientes del área metropolitana de Asunción entre 2011 y 2013. Las muestras positivas para flavivirus fueron sometidas a dos reacciones de RT-nested PCRs específicas para DENV. El límite de detección (LD) para flavivirus fue de 0,2 UFP/reacción. En total 43/195 muestras fueron positivas para flavivirus. De estas, 38/43 (88,4%) correspondieron a DENV (6 DENV-1, 30 DENV-2 y 2 DENV-3). Además, 5/43 casos (11,6%) positivos para flavivirus fueron negativos para DENV por ambas reacciones específicas, pudiendo deberse a infecciones por otros flavivirus. Los resultados sugieren que la utilización de una reacción genérica seguida de otras reacciones específicas para DENV en casos febriles negativos para NS1 por el método inmunocromatográfico permitiría detectar más casos de infecciones por DENV y además, podría contribuir a la identificación de casos debido a infecciones por otros flavivirus.

Flaviviruses are responsible for considerable worldwide morbidity and mortality. Among them, the dengue virus (DENV) causes serious public health problems in Paraguay. The objective of the study was to detect flavivirus infections using a generic RT-nested -PCR in 195 samples of individuals with suspected dengue and negative for the inmunochromatographic test (NS1 antigen ­ DENV), from the metropolitan area of Asuncion between 2011 and 2013. The flavivirus-positive samples were subjected to two reactions of DENV-specific RT-nested PCRs. The detection limit (DL) for flavivirus was 0.2 PFU / reaction. In total, 43/195 samples were positive for flavivirus. Of them, 38/43 (88,4%) corresponded to DENV (6 DENV-1, 30 DENV-2 and 2 DENV-3). In addition, 5/43 cases (11.6%) positive for flavivirus were negative for DENV by both specific reactions, and may be infections caused by other flaviviruses. The results suggest that the use of a generic reaction followed by other DENV specific reactions in febrile negative cases for NS1 by the immunochromatographic method would allow the detection of more cases of DENV infections and could contribute to the identification of cases due to infections by others flaviviruses.

Infecciones de transmisión sexual en mujeres de edad fértil usuarias del Hospital Regional de Villa Hayes, Paraguay / Sexually transmitted infections in childbearing agewomen attending at the Regional Hospital of VillaHayes, Paraguay

Las Infecciones de Transmisión Sexual (ITS) se encuentran entre las cinco razones de consulta más frecuente en adultos. En Paraguay existe un conocimiento limitado sobre frecuencia de ITS especialmente en mujeres no gestantes en edad fértil. Por ello, este estudio piloto descriptivo de corte transverso analizó la frecuencia de sífilis, de infección por el Virus de la Inmunodeficiencia Humana (VIH) de factores de riesgo asociados en 100 mujeres en edad fértil (18-48 años) no gestantes que acudieron al Hospital Regional de Villa Hayes. La detección de sífilis se realizó mediante el método inmunocromato-gráfico y la confirmación por la Prueba de Absorción de Anticuerpos Treponémicos Fluorescentes. La infección por VIH fue detectada mediante el método inmunocromatográfico y el Ensayo por Inmunoabsorción Ligado a Enzimas. Se consideró un conocimiento aceptable sobre prevención y transmisión de estas ITS si el 60% de las preguntas se contestaban correctamente. Se observó una alta frecuencia de sífilis, de 13% (IC95%7,1-21,2%) y una asociación entre el bajo nivel educativo y la presencia de sífilis (p=0,002). No se encontró ningún resultado positivo para VIH. El 11% de las mujeres presentó un nivel inaceptable de conocimiento, sin embargo se evidenció una alta frecuencia de mujeres (58%) que no utilizaba preservativo, lo cual indica falta de buenas prácticas. Es preciso fortalecer las medidas de control y manejo de ITS ya existentes en esta región especialmente en las mujeres no gestantes en edad fértil.

Sexually Transmitted Infections (STIs) are among the five most frequent reasons forconsultation in adults. In Paraguay there is a limited knowledge about STIs frequencyespecially in non pregnant women of childbearing age. Therefore, this pilot descriptivecross-sectional study analyzed the frequency of syphilis, HIV infection and associatedrisk factors in 100 women of childbearing age (18-48 years) non pregnant who went tothe Regional Hospital of Villa Hayes. Syphilis screening was performed using the immu nochromatography method and confirmation by the Test Fluorescent Treponemal AntibodyAbsorption. HIV infection was detected by the immunochromatographic methodand the test for enzyme-linked immunosorbent. An acceptable knowledge about preventionand transmission of these STIs were considered if 60% of the questions wereanswered correctly. A high frequency of syphilis, about 13% (CI95%7.1-21.2%) and anassociation between low educational level and the presence of syphilis (p = 0.002) wasobserved. No positive result for HIV was found. 11% of women presented an unacceptablelevel of knowledge, however a high frequency of women (58%) who did not usecondoms was evident, indicating lack of good practices. It is necessary to strengthencontrol measures and management of STIs existing in this region especially in nonpregnantwomen of childbearing age.